Los filtros de potencia activa (APFs) se utilizan para mitigar las armónicas generadas por cargas no lineales en redes de distribución. Por lo tanto, debido al aumento de cargas no lineales en los sistemas de energía, es necesario reducir las armónicas de corriente. Un método típico es utilizar Filtros de Potencia Activa en Derivación (SAPFs). Este artículo propone un controlador excepcional para mejorar el rendimiento del SAPF trifásico de 25 kVA. Este controlador puede reducir la distorsión armónica total de corriente (THD) y se llama controlador en cascada de orden fraccionario PI-orden fraccionario PD (FOPI-FOPD). En este estudio, se aplicó otro controlador calificado, llamado controlador PID de orden fraccionario multietapa, para mostrar la superioridad del controlador en cascada FOPI-FOPD sobre el controlador FOPID multietapa. Ambos controladores fueron diseñados basándose en un algoritmo genético de clasificación no dominada (NSGA-II). Los resultados obtenidos demuestran que la respuesta en estado estacionario y las características transitorias logradas por el controlador en cascada FO (PI + PD) son superiores a las obtenidas por el controlador FOPID multietapa. El controlador propuesto fue capaz de reducir significativamente la THD de la corriente de fuente a menos del 2%, lo que representa una reducción de aproximadamente el 52% en comparación con el trabajo anterior en la introducción. Finalmente, el sistema SAPF estudiado con el controlador en cascada propuesto fue desarrollado en la simulación de hardware en el bucle (HiL) para exámenes en tiempo real.