Los microorganismos del suelo son un componente indispensable de los ecosistemas naturales y desempeñan un papel importante en los ecosistemas de agrogestión. Sin embargo, la función de las comunidades microbianas del suelo sigue siendo una caja negra. El presente estudio tuvo como objetivo investigar el efecto de las prácticas de agrogestión orgánica y convencional en un viñedo sobre la comunidad bacteriana del suelo y su composición en tres tamaños diferentes de agregados del suelo, utilizando perfiles funcionales derivados del análisis de metagenómica de 16S rDNA para elucidar las capacidades metabólicas de las comunidades microbianas del suelo. Se compararon las muestras de suelo en términos de composición y funcionalidad de la comunidad. Se encontró una clara distinción entre los dos tipos de gestión. Las muestras de suelo contenían 12 filos y 45 órdenes, donde Proteobacteria fue el filo más común en todos los tratamientos. Se obtuvieron veintitrés perfiles funcionales para ambos tratamientos y tres tamaños de agregados, mostrando similitud en su función, lo que sugiere que la funcionalidad se debe a la composición de la comunidad y a las condiciones ambientales. Los resultados indican que los sistemas de agricultura orgánica tienen un efecto beneficioso sobre la diversidad microbiana y fomentan la multifuncionalidad del ecosistema.