Las pequeñas centrales hidroeléctricas (PCH) se han considerado una alternativa para la generación de electricidad con un impacto ambiental reducido. Sin embargo, ningún estudio ha abordado los cambios en un tipo particular de macrohábitat fluvial comúnmente afectado por las PCH: las zonas de knick. Este estudio tuvo como objetivo evaluar el impacto de la construcción de una PCH en la fauna acuática de macroinvertebrados asociada a dos zonas de knick basálticas ubicadas en el río Sapucaí-Mirim, sureste de Brasil. La primera, considerada una zona de knick funcional, sigue la dinámica natural del caudal del río y preserva el sustrato rocoso original. La segunda, considerada una zona de knick no funcional, se inundó permanentemente tras la construcción de la PCH y el sustrato rocoso consolidado fue reemplazado por sedimentos finos. El muestreo se realizó en dos períodos estacionales y los datos se analizaron mediante análisis multivariado. Se observaron diferencias en la composición y estructura de la comunidad de macroinvertebrados entre las zonas de knick y los períodos. La zona knick funcional presentó una riqueza mucho mayor, con 72 taxones en comparación con los 44 de la zona no funcional, así como un gran número de taxones exclusivos (38, de los cuales solo nueve eran exclusivos de la zona no funcional). Los valores promedio de diversidad, equidad y densidad también fueron mayores en la zona knick funcional. Los parámetros limnológicos variaron significativamente entre las estaciones seca y lluviosa, pero no entre las distintas zonas knick. Este tipo de macrohábitats y su posible papel en la biodiversidad fluvial son prácticamente desconocidos. En un contexto de rápida expansión de las pequeñas centrales hidroeléctricas, se requieren más estudios y medidas de protección.