Las emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) provenientes de la gestión de residuos de cultivos han sido estudiadas extensamente, sin embargo, no se han reportado los efectos de la cosecha de más de un residuo de cultivo en una rotación. Aquí, medimos los cambios a corto plazo en las emisiones de metano (CH4), óxido nitroso (N2O) y dióxido de carbono (CO2) en respuesta a la eliminación de residuos de maíz continuo (Zea mays L.) (CC) y rotaciones de maíz-trigo (Triticum aestivum L.)-soja (Glycine max L. Merr.) (CWS) en el Medio Atlántico de EE. UU. Un primer experimento retuvo cinco tasas de rastrojo de maíz (0, 3.33, 6.66, 10 y 20 Mg ha-1) en un maíz continuo (CC) en Blacksburg, VA, en 2016 y 2017. Dos experimentos adicionales, iniciados durante las fases de trigo y maíz de la rotación CWS en New Kent, VA, utilizaron una combinación factorial de maíz retenido (0, 3.33, 6.66 y 10.0 Mg ha-1) y residuos de trigo (0, 1, 2 y 3 Mg ha-1). El residuo de soja no se varió. Las diferentes tasas de retención de cultivos no afectaron los flujos de CO2 en ninguno de los estudios de campo. En Blacksburg, retener 5 Mg ha-1 de rastrojo o más aumentó las emisiones de CH4 y N2O en aproximadamente un 25%. Los flujos máximos de CH4 y N2O (4.16 y 5.94 mg m-2 día-1) ocurrieron con una retención del 200% (20 Mg ha-1). Dos ciclos de gestión de rastrojo en Blacksburg y un ciclo de gestión de residuos de maíz o trigo en New Kent no afectaron los flujos de GEI. Este estudio es el primero en investigar los efectos de los residuos de cultivos en las emisiones de GEI en un sistema de cultivos múltiples en zonas templadas húmedas. Se justifican estudios a más largo plazo para comprender los efectos de la gestión de residuos de cultivos en las emisiones de GEI en estos sistemas.