La fluctuación del nivel del agua (WLF) puede destruir los agregados del suelo e inducir la pérdida de carbono orgánico del suelo (SOC), lo que podría desencadenar impactos en la concentración de dióxido de carbono atmosférico. Sin embargo, las respuestas del contenido de agregados del suelo y del carbono orgánico asociado a los agregados ante la WLF no han sido bien estudiadas, especialmente en la zona de fluctuación del nivel del agua (WLFZ) del embalse de las Tres Gargantas (TGR). Por lo tanto, se recolectaron muestras de diferentes elevaciones (145 m, 155 m y 165 m) en la WLFZ del TGR para realizar experimentos. Se utilizó el método de tamizado en húmedo para dividir el suelo en limo y arcilla (<0.053 mm), micro-agregados (0.053-0.25 mm) y macro-agregados (>0.25 mm). Se utilizó el método de oxidación K2Cr2O7-H2SO4 para medir el contenido total de SOC en diferentes agregados del suelo. Se utilizó un método modificado de Walkley y Black para medir el carbono lábil en diferentes agregados del suelo. Los resultados mostraron que el contenido de macro-agregados disminuyó sustancialmente, mientras que el contenido de micro-agregados se mantuvo estable y la fracción de limo y arcilla se acumuló con una disminución en las elevaciones del nivel del agua. Además, el contenido total de SOC y el carbono lábil en macro-agregados fueron claramente más altos que en los micro-agregados y en la fracción de limo y arcilla. Los macro-agregados contribuyeron más a la secuestración de SOC, mientras que los micro-agregados contribuyeron menos, y la contribución de los macro-agregados aumentó con la disminución de las elevaciones del nivel del agua. Concluimos que los macro-agregados fueron los participantes más activos en el proceso de secuestración de SOC, y aumentar preferentemente el contenido de macro-agregados en la elevación más baja del nivel del agua fue beneficioso para mejorar el potencial de secuestración de carbono del suelo y mitigaría el cambio climático.