La salud y el bienestar animal son aspectos cruciales de la producción ganadera, que impactan el bienestar y la productividad de los animales, así como la sostenibilidad de las granjas. Actualmente, se han propuesto varios indicadores de salud y bienestar para evaluar el estado de salud y bienestar de las cabras. Sin embargo, su aplicabilidad en diferentes sistemas de producción, así como su papel en la producción diaria de leche, han sido insuficientemente estudiados. El objetivo aquí fue determinar los problemas de salud y bienestar más prevalentes y cuantificar su impacto en la producción diaria de leche de las cabras lecheras de Skopelos que compartían el mismo fondo genético pero se criaban bajo diferentes sistemas de producción, intensivo o extensivo. En las cabras criadas intensivamente, los problemas de salud y bienestar estaban relacionados con las condiciones de alojamiento, los estándares de higiene y las prácticas dietéticas. Sin embargo, en las cabras criadas extensivamente, la actividad de pastoreo, el parasitismo y la falta de monitoreo sistemático de la salud fueron los factores dominantes de los problemas de salud y bienestar observados. Entre los problemas de salud y bienestar estudiados, la cojera, las lesiones en la boca, la fibrosis mamaria y la asimetría de la ubre estaban asociadas con una disminución en la producción de leche. Los resultados sugieren que se deben implementar prácticas de manejo personalizadas y medidas preventivas basadas en evidencia y en las demandas específicas de cada sistema de producción para optimizar la salud, el bienestar y la productividad animal.