Los desastres por anegamiento de agua restringen severamente la producción de cultivos. La región media e inferior del río Yangtsé (MLYRR) es una importante región productora de granos en China pero sufre graves desastres por anegamiento de agua. En este estudio, se introdujo un índice específico para la agricultura llamado índice de humedad acumulativa para analizar las características espacio-temporales del anegamiento de agua durante las diferentes etapas de crecimiento del trigo y maíz en el MLYRR de 1960 a 2020. Además, se revelaron las relaciones entre las intensidades de anegamiento de agua y las fluctuaciones en el rendimiento de los cultivos. Los resultados mostraron que en los últimos 60 años, la intensidad del anegamiento de agua en trigo y maíz en el centro y este del MLYRR ha aumentado; el anegamiento de agua en los cultivos fue más intenso en la década de 1990-2010 que durante la década de 1960-1980, y la intensidad del anegamiento de agua alcanzó su punto máximo en la década de 1990. Para ambos cultivos, el anegamiento de agua fue más intenso durante las etapas iniciales de crecimiento, pero sus impactos en la reducción del rendimiento fueron más significativos durante las etapas medias y tardías de crecimiento. El sur del MLYRR (especialmente el sur de Anhui) fue la región donde ambos cultivos eran más propensos al anegamiento de agua, pero los rendimientos en esta región no se vieron afectados gravemente por el anegamiento de agua. En comparación con el trigo, el maíz era más propenso al anegamiento de agua y su rendimiento se vio más significativamente reducido por el anegamiento de agua. En conclusión, este estudio proporciona orientación para la reducción del riesgo de anegamiento de agua en la agricultura en el MLYRR.