Las raíces de almacenamiento de la batata de pulpa morada contienen una variedad de antocianinas y polifenoles. Se sabe poco sobre los cambios en el contenido total y la composición de antocianinas y polifenoles en las primeras etapas de crecimiento del sistema radicular. En este estudio, investigamos los cambios en antocianinas y polifenoles en el sistema radicular de cultivares de batata de pulpa morada a los 15, 30, 45 y 60 días después del trasplante (DAT). Inesperadamente, el porcentaje más alto de antocianinas aciladas en tres cultivares de pulpa morada entre todas las etapas de crecimiento fue a los 15 DAT. Por otro lado, el contenido total de polifenoles en las primeras etapas de crecimiento del sistema radicular aumentó rápidamente hacia los 45 DAT, justo antes del inicio del agrandamiento de las raíces de almacenamiento, y luego disminuyó rápidamente a medida que las raíces de almacenamiento comenzaron a agrandarse. Estos datos indican que la primera etapa de crecimiento del sistema radicular es un momento crítico. Este momento puede presentar una estrategia para maximizar la acumulación de polifenoles con alta actividad antioxidante, así como antocianinas aciladas, para proteger contra estrés abiótico y biótico.