El cambio climático representa una amenaza fundamental para los humedales. La cuenca mediterránea es un hotspot de biodiversidad, y los humedales son importantes para mantener este estatus. El estudio actual evaluó la diversidad de la vegetación halófila de uno de los humedales más relevantes de Malta, el sitio Natura 2000 Il-Ballut ta" Marsaxlokk, también identificado bajo la Directiva Marco del Agua. Se llevó a cabo un análisis de la vegetación según el enfoque de Braun-Blanquet. El conjunto de datos procesado incluyó tanto datos de la literatura como datos no publicados. Para cuantificar la estructura y diversidad de la vegetación, se realizaron una clasificación jerárquica (distancia Chord; enlace de Ward) y se calcularon índices de diversidad y ecológicos. Se tuvo en cuenta el análisis diacrónico de los índices de diversidad taxonómica y los valores del indicador de Ellenberg. Utilizamos un análisis NMDS para evaluar la huella ecológica de la vegetación. Además, proporcionamos un mapa de vegetación actual para Il-Ballut ta" Marsaxlokk, basado en ortofotos de drones. Identificamos cinco hábitats de la Directiva de la UE en el área de estudio (1150*, 1310, 1410, 1420 y 92D0), de los cuales uno (1150*) fue reportado por primera vez. La huella ecológica de la vegetación halófila ha experimentado cambios a lo largo del tiempo, particularmente debido al aumento de las temperaturas. De hecho, los resultados mostraron que los nutrientes y la temperatura fueron los principales impulsores ambientales del sitio. Los resultados y la metodología de este estudio demuestran cómo los estudios de vegetación pueden servir como herramientas para mejorar el conocimiento, las acciones de gestión y la planificación del paisaje de los sitios Natura 2000.