Los sistemas agroforestales y de cultivos intercalados son reconocidos como opciones importantes para la mitigación de gases de efecto invernadero. El objetivo principal de este estudio fue evaluar los impactos del cambio de uso de suelo de monocultivo de naranja (O) a cultivos intercalados de café-naranja (CO) y sistemas agroforestales de café-bosque (CF), implementados hace 20 años, en las propiedades del suelo en tres diferentes capas de profundidad (0-10 cm, 10-20 cm, 20-30 cm), con un enfoque particular en el carbono de biomasa microbiana (MBC) y los niveles de carbono orgánico del suelo (SOC). Aunque no hubo cambios en la mayoría de las propiedades físicas del suelo, las propiedades químicas del suelo variaron significativamente entre los diferentes tipos de uso de suelo. El SOC fue más alto en los sistemas CF y CO en comparación con el sistema O; sin embargo, solo en el sistema CO el SOC se incorporó de manera uniforme en todas las profundidades. El análisis de regresión mostró que, en el sistema CO, el carbono de biomasa microbiana aumentó significativamente, lo que sugiere que estos sistemas son más prometedores para la captura de carbono. Los bajos valores de pH y fósforo en el sistema agroforestal se identificaron como factores limitantes para el aumento de la biomasa microbiana. Es importante destacar que la integración del café en el cultivo de naranja no solo mejora los beneficios económicos, sino que también contribuye a la captura de carbono a largo plazo al aumentar el SOC en capas de suelo más profundas.