El estudio de las diferencias en los títulos académicos en las universidades ayuda a promover el entusiasmo de los investigadores y es fundamental para la eficiencia de la investigación científica universitaria. Este estudio examina el impacto de las diferencias en los títulos académicos en la eficiencia de la investigación de las universidades y explora su mecanismo. Desde la perspectiva de los tipos de producción, los logros de innovación científica y tecnológica de las universidades se dividen en producción académica y producción económica. Utilizando el modelo de frontera estocástica, este artículo evalúa la influencia de los diferentes títulos académicos en la eficiencia de producción académica y económica de la innovación en la investigación científica en las universidades. Los resultados de la investigación muestran que la eficiencia de la producción académica aumenta con el tiempo, mientras que la eficiencia de la producción económica disminuye con el tiempo. Los investigadores con títulos de profesor asociado son más eficientes en la producción de investigación académica, y los investigadores con títulos de conferencista son más eficientes en la producción de investigación económica. La economía regional está positivamente correlacionada con la producción económica de las universidades y negativamente correlacionada con la producción académica. La producción y el desarrollo de la investigación académica y económica en diferentes regiones no están coordinados.