La alimentación materna prenatal juega un papel importante en el desarrollo fetal y tiene el potencial de inducir modificaciones epigenéticas duraderas. Los microARNs (miARNs) son ARN de cadena sencilla no codificantes que sirven como un mecanismo epigenético. Aunque los miARNs tienen roles cruciales en la programación, el crecimiento y el desarrollo fetal, hay datos limitados sobre la dieta materna y la expresión de miARN en ovejas. Por lo tanto, analizamos la dieta materna con alto y bajo contenido de proteínas para la expresión de miARN en fetos. Las ovejas embarazadas fueron alimentadas con una dieta isoenergética de alto contenido proteico (HP, 160-270 g/día), bajo contenido proteico (LP, 73-112 g/día) o dieta estándar de proteínas (SP, 119-198 g/día) durante el embarazo. Los perfiles de expresión de miARN se evaluaron utilizando el Affymetrix GeneChip miARN 4.0 Array. Se identificaron doce miARNs diferencialmente expresados (DE miARNs) que están dirigidos a 65 genes. El miARN oar-3957-5p fue altamente regulado al alza en el LP y SP en comparación con el HP. Un análisis previo del transcriptoma identificó que los genes de integrina y fosfatasa de proteínas tirosina no receptora dirigidos por miARNs fueron detectados en el experimento actual. Un total de 28 términos de GO y 10 conjuntos de genes basados en vías fueron significativamente ( < 0.05) enriquecidos en los genes objetivo. La mayoría de los genes dirigidos por los miARNs identificados están involucrados en vías de enfermedades inmunitarias y musculares. Nuestro estudio demostró que la ingesta de proteínas dietéticas durante el embarazo afectó la epigenética del músculo esquelético fetal a través de la expresión de miARN.