La disponibilidad y el costo de la harina de pescado constituyen un cuello de botella en la expansión de la producción de salmón atlántico. La harina de pescado se produce a partir de especies de peces salvajes y constituye el principal ingrediente en la alimentación de especies carnívoras como el salmón atlántico. Estos stocks naturales están en riesgo de agotamiento y, por lo tanto, es de suma importancia encontrar fuentes de proteínas alternativas que cumplan con los requisitos nutricionales del salmón atlántico, sin comprometer la salud de los animales. Se han utilizado subproductos animales terrestres en la alimentación acuícola, pero su uso está limitado por la falta de varios aminoácidos esenciales y la aceptación por parte de los consumidores. En el caso de los ingredientes vegetales, es necesario tener en cuenta tanto su concentración como las metodologías de extracción, ya que, si no se dosifican correctamente, pueden causar alteraciones macroscópicas y microscópicas de la estructura del tracto gastrointestinal y también pueden modular negativamente la composición de la microbiota. Estas alteraciones pueden comprometer las funciones digestivas, el crecimiento del animal y, en última instancia, su bienestar. Se proporciona una revisión actualizada de fuentes de proteínas alternativas, con el respectivo impacto en la salud intestinal en términos de morfología y composición de la microbiota. Tal información puede constituir la premisa para la elección y desarrollo de piensos para salmón atlántico que garanticen la salud y el rendimiento de crecimiento de los peces sin tener un impacto significativo en el entorno circundante, tanto en términos de agotamiento de los stocks naturales de los peces como en términos de presión sobre la agricultura terrestre. La sostenibilidad de la acuicultura debe ser una prioridad al elegir ingredientes de próxima generación.