La abundancia y distribución de las poblaciones microbianas del suelo, es decir, la diversidad microbiana, se promueve ampliamente como un elemento clave de las prácticas agrícolas sostenibles y/o la salud del suelo. Un enfoque común para describir la diversidad microbiana es el análisis filogenético con secuenciación de alto rendimiento del ADN microbiano. Sin embargo, debido a la enorme cantidad de datos generados, se requiere un esfuerzo continuo para evaluar mejor los efectos de los sistemas de manejo agrícola sobre la diversidad microbiana del suelo. Aquí, informamos sobre los efectos combinados de los sistemas de manejo en la diversidad bacteriana y fúngica en un suelo agrícola loessal ubicado en el centro-norte de Mississippi, EE. UU. Se realizó secuenciación de amplicones utilizando el gen 16S rRNA y ITS2 de muestras de suelo recolectadas de un estudio de tres años con combinaciones de rotación de cultivos de maíz-soja, prácticas de labranza y cubiertas vegetativas invernales. Se encontraron diferencias en la beta-diversidad fúngica microbiana entre los sistemas de manejo, con patrones de agrupamiento distintos para la labranza cero combinada con malezas invernales o barbecho. Los sistemas de manejo mostraron una influencia significativa en el pH del suelo y la densidad aparente, que estaban correlacionados positivamente con la composición de la comunidad fúngica. Los desarrollos en la descripción e interpretación de la diversidad microbiana del suelo contribuirán a una comprensión más precisa de su papel en las diversas funciones y procesos importantes para la gestión agrícola del suelo.