La pandemia de COVID-19 ha tenido un impacto significativo en la economía mundial desde 2020. Este estudio analizó el impacto de la pandemia en empresas agroalimentarias innovadoras de diferentes ramas de actividad agroindustrial ubicadas en Extremadura (España). El objetivo principal de este estudio fue determinar cuáles actividades han sido más afectadas. También se evaluaron las diferencias entre las acciones y cambios realizados dependiendo de la naturaleza del producto, proceso o servicios. La información se obtuvo a través de un cuestionario en línea en el que se plantearon las preguntas de investigación (¿qué consecuencias, acciones o cambios ha tenido la pandemia en el desarrollo de las actividades de las empresas?). Los datos se analizaron de manera descriptiva y se realizó un estudio estadístico sobre la existencia o ausencia de independencia entre efectos y acciones basados en las ramas de actividad de las industrias agroalimentarias. Los principales resultados mostraron que el funcionamiento financiero de las empresas (disminución de la facturación y reducción/desplazamiento de la demanda de productos) y operativo (dificultad en las actividades de comercialización y paralización/declive en el ejercicio fiscal) ha sido principalmente afectado. En respuesta, las agroindustrias innovadoras han actuado respecto a sus procesos (aumento del uso de TIC y nuevas estrategias de marketing) y procedimientos (implementación de protocolos higiénico-sanitarios más estrictos y reorganización de actividades y personal) para hacer frente a los efectos negativos en sus actividades. En general, todas las ramas agroindustriales han incorporado cambios en sus productos y servicios, principalmente al ofrecer nuevos y mejores beneficios para los clientes, y mejorar los formatos de productos y formas de pago a proveedores. Estos hallazgos proporcionan información para la administración pública regional en el desarrollo de iniciativas que mitiguen los efectos negativos de la pandemia y favorezcan la implementación de acciones que ayuden a la adaptación de las actividades agroindustriales. Las políticas agrícolas deberían incorporar medidas especializadas para garantizar la sostenibilidad global del sistema alimentario y agrícola y el suministro y producción.