La agregación del suelo resulta de la reorganización, floculación y cementación de las partículas primarias del suelo. Además, los agregados experimentan transformaciones bajo labranza cero (LC) con el tiempo. El carbono orgánico del suelo (CO) es el componente principal de la materia orgánica del suelo y se encuentra protegido dentro de los agregados, pudiendo servir como un indicador de la estabilidad estructural del suelo. La materia orgánica contribuye significativamente a la formación de agregados del suelo y el carbono dentro de ellos está protegido contra la degradación. Este estudio evaluó el impacto de los sistemas de labranza, la profundidad del suelo y la duración de la labranza cero en la distribución del tamaño de los agregados del suelo, la estabilidad y el carbono asociado a los agregados. Se llevó a cabo en Thohoyandou (Tshivhilwi y Dzingahe), distrito de Vhembe, provincia de Limpopo, Sudáfrica. Las muestras de suelo se recolectaron de campos de LC, labranza convencional (LC) y virgen (VG) en la capa superficial (0-30 cm) y subsuperficial (30-60 cm) en cada ubicación. La duración de la LC para los campos en Tshivhilwi y Dzingahe fue de 8 años (corto plazo) y >40 años (largo plazo), respectivamente. Los resultados mostraron que los macroagregados constituían la mayor proporción de agregados, con una contribución porcentual de >60% durante el corto plazo y largo plazo. El diámetro medio de peso (DMP) varió significativamente entre LC y VG en la subsuperficie para la LC a corto plazo. Los agregados fueron más estables en la LC a corto plazo que en la LC a largo plazo. El carbono orgánico en todas las fracciones de agregados entre los sistemas de labranza en la capa superficial no se vio afectado significativamente después de más de 40 años. El DMP fue mayor en la subsuperficie que en la capa superficial en LC y LC durante ambos períodos. Los microagregados contenían más CO que otras fracciones. El estudio mostró que el impacto de la LC en la agregación, la estabilidad estructural y la capacidad de almacenar carbono varían con el tiempo. Se recomienda que la agregación y/o estabilidad estructural de diferentes texturas de suelo bajo LC con diferentes sistemas de cultivo y prácticas de manejo se estudien periódicamente.