Los hongos liquenizados son ampliamente utilizados como bioindicadores debido a su sensibilidad a varios impactos antropogénicos. El aumento de la deposición de nitrógeno afecta la presencia, abundancia y distribución de líquenes. Las principales fuentes de nitrógeno en el paisaje agrícola son el amoníaco (NH) y el catión amonio (NH). La cría de ganado y el uso de fertilizantes orgánicos y minerales son principalmente responsables de las emisiones de estos compuestos. El exceso de N puede afectar negativamente a la biota liquénica y llevar, por ejemplo, a la disminución de especies, empobrecimiento de comunidades liquénicas o desequilibrio en la simbiosis. Sin embargo, también hay evidencia de ciertos efectos opuestos, en particular a concentraciones medias de N. Influencias positivas pueden manifestarse, por ejemplo, mediante mayores concentraciones de clorofila a, o mediante una mayor diversidad de líquenes apoyada por la coexistencia de líquenes con diferentes requerimientos tróficos. Los valores indicadores de líquenes en relación con la entrada de N se exhiben, por ejemplo, mediante algunos marcadores de biontes (los contenidos de ergosterol y clorofila a), especies particulares, como , o grupos funcionales tróficos (líquenes oligotróficos y nitrofílicos). Se discuten las lagunas identificadas en el conocimiento actual.