Ha habido un creciente interés hacia la influencia de los biofertilizantes en la composición de las comunidades microbianas asociadas con las plantas de cultivo. Investigamos el impacto de la cepa B510, una cepa bacteriana con capacidad de fijación de nitrógeno, en la estructura de las comunidades bacterianas y fúngicas dentro de los rizosferas de plantas de arroz mediante secuenciación de amplicones en dos etapas de muestreo (las etapas vegetativa y de cosecha del arroz). El análisis de coordenadas principales (PCoA) demostró un cambio significativo en la comunidad del microbioma bacteriano cuando las plantas fueron inoculadas con B510 en la etapa vegetativa, lo cual fue muy similar al efecto de la aplicación de fertilizante químico de Nitrógeno. Este resultado sugirió que la inoculación con B510 influyó fuertemente en la absorción de nitrógeno por las plantas hospederas bajo condiciones de bajo nitrógeno. El análisis de discriminante menos (LDA) mostró que la inoculación con B510 aumentó significativamente la fijación de Nitrógeno y las poblaciones. En contraste, no hubo una influencia aparente de B510 en la estructura de la comunidad fúngica. Las propiedades funcionales de las bacterias fueron identificadas a través de PICRUSt2, y esto sugirió que la producción de aminoácidos, azúcares y vitaminas podría estar relacionada con la inoculación de B510. Nuestros resultados indican que la inoculación con B510 influyó en la estructura de la comunidad bacteriana al reclutar otras bacterias fijadoras de Nitrógeno en ausencia de fertilizante de nitrógeno.