La etapa reproductiva del algodón (sp.) es altamente sensible al encharcamiento. La identificación de cultivares élite de algodón de secano ( ) con mayor tolerancia al encharcamiento es crucial para expandir el cultivo de algodón en áreas bajas. El presente estudio fue diseñado para investigar el efecto del encharcamiento en el desarrollo reproductivo de cuatro cultivares élite de algodón de secano, a saber, Rupali-1, CB-12, CB-13 y DM-3, frente a cuatro duraciones de encharcamiento (por ejemplo, 0, 3, 6 y 9 días). El estrés por encharcamiento impactó significativamente los atributos morfo-fisiológicos, bioquímicos y de rendimiento del algodón. Dos cultivares de algodón, por ejemplo, CB-12 y Rupali-1, mostraron la menor reducción en la altura de la planta (6 y 9%, respectivamente) y el peso de las cápsulas (8 y 5%, respectivamente) en la mayor duración de encharcamiento de 9 días. Los datos fisiológicos y bioquímicos revelaron que un mayor contenido de clorofila en las hojas, prolina y contenido relativo de agua, y un menor contenido de malondialdehído, particularmente en CB-12 y Rupali-1, estaban correlacionados positivamente con el rendimiento. Notablemente, CB-12 y Rupali-1 tuvieron un mayor peso de algodón en semilla (90.34 y 83.10 g, respectivamente), peso de fibra (40.12 y 39.32 g, respectivamente) y peso de semilla (49.47 y 43.78 g, respectivamente) por planta que CB-13 y DM-3 en respuesta a la mayor duración de encharcamiento de 9 días. Además, amplios análisis multivariantes como la correlación de Spearman y el análisis de componentes principales revelaron que CB-12 y Rupali-1 tenían mayores coeficientes en rendimiento y atributos fisiológicos a 9 días de encharcamiento, mientras que CB-13 y DM-3 eran cultivares sensibles en respuesta a los mismos niveles de encharcamiento. Así, CB-12 y Rupali-1 podrían estar bien adaptados a las áreas bajas propensas al encharcamiento para un rendimiento alto y sostenido.