La aplicación de fertilizantes orgánicos e insumos biológicos al suelo afecta inevitablemente su calidad, indicadores agroquímicos y microbiota. La agricultura sostenible se basa en aprender continuamente cómo gestionar adecuadamente los recursos de suelo, agua y biológicos disponibles. El objetivo del estudio fue determinar los cambios en las comunidades de microorganismos y los stocks de carbono en suelos infértiles para la fertilización utilizando diferentes fertilizantes orgánicos y sus combinaciones con bioinsumos. Se realizó un análisis genético de las poblaciones de microorganismos utilizando el enfoque NGS. Nuestro estudio mostró que la aplicación de fertilizantes orgánicos afecta la microbiota del suelo y la estructura taxonómica de sus comunidades. Grupos específicos de bacterias, como , fueron promovidos por la fertilización orgánica, mientras que la abundancia de y disminuyó en la mayoría de los tratamientos después de la aplicación de estiércol de ave. El análisis metagenómico confirmó que el uso de bioinsumos aumentó la abundancia relativa de spp. hongos; mientras tanto, no se encontró un cambio significativo en los representantes de en comparación con los tratamientos donde no se utilizaron bioinsumos. La influencia positiva de la fertilización apareció en todos los indicadores agroquímicos estudiados. Se acumularon mayores concentraciones de C y N en el suelo cuando utilizamos estiércol de ave granulado, y pH cuando utilizamos estiércol de ganado.