Para explorar el efecto de los patrones de fertilización en el crecimiento de plántulas de colza bajo estrés por encharcamiento, se establecieron tres patrones de fertilización (fertilización convencional, fertilización orgánica suplementaria y fertilización microbiana suplementaria) utilizando la variedad Xiangyou 708 como material, y se llevó a cabo un tratamiento de encharcamiento durante la etapa de plántula de colza. Se investigaron los efectos de los patrones de fertilización en el crecimiento de las plántulas de colza y los microorganismos de la rizosfera bajo estrés por encharcamiento. Los resultados mostraron que los tres patrones de fertilización exhibieron que el estrés por encharcamiento inhibió el crecimiento de las plántulas de colza, la actividad de las raíces y cambió la estructura de la comunidad bacteriana de la rizosfera. Sin embargo, la fertilización orgánica y microbiana suplementaria promovieron mejor el crecimiento de las plántulas de colza, redujeron el impacto del estrés por encharcamiento en el crecimiento de las plántulas de colza y aceleraron la recuperación de las plántulas de colza después del estrés por encharcamiento. Bajo suministro normal de agua, la fertilización orgánica suplementaria enriqueció , , , y en el suelo de la rizosfera de la colza, mientras que la fertilización microbiana suplementaria enriqueció y en el suelo de la rizosfera de la colza. Después de 7 días de tratamiento de encharcamiento, la fertilización orgánica suplementaria enriqueció en el suelo de la rizosfera de la colza, mientras que la fertilización microbiana suplementaria enriqueció , , y en el suelo de la rizosfera de la colza. El enriquecimiento de estas bacterias puede estar relacionado con la promoción del crecimiento y la tolerancia al encharcamiento de la colza. Este estudio proporciona evidencia de que los fertilizantes microbianos y orgánicos pueden promover el crecimiento de la colza y mejorar su tolerancia al encharcamiento, así como evidencia de que algunos microorganismos de la rizosfera tienen un papel potencial en la promoción del crecimiento y la tolerancia al encharcamiento de la colza.