Tres bioestimulantes microbianos comerciales que contienen hongos (micorrizas arbusculares y spp.) y otros microorganismos (bacterias promotoras del crecimiento de las plantas y levaduras) se aplicaron en un cultivo de tomate de procesamiento en un experimento de campo de dos años en el sur de Italia. Se evaluaron los efectos de la temporada de crecimiento y los tratamientos basados en microorganismos sobre el rendimiento, las características tecnológicas y la calidad funcional de los frutos de tomate. El año de cultivo afectó el rendimiento (con un menor peso de fruta, mayor relación de rendimiento comercial a total y mayor porcentaje de frutos defectuosos totales en 2020) y los componentes tecnológicos (mayor materia seca, acidez titulable, contenido total de sólidos solubles en 2020). Durante el primer año del ensayo, los tratamientos basados en consorcios mejoraron el contenido de sólidos solubles (+10.02%) en comparación con las plantas de tomate no tratadas. El contenido de sacarosa y licopeno se vio afectado tanto por los tratamientos microbianos como por la temporada de crecimiento (valores mayores encontrados en 2021 con respecto a 2020). El factor año también afectó significativamente el contenido de metabolitos, excepto para la tirosina, aminoácidos esenciales (EAA) y aminoácidos de cadena ramificada (BCAAs). A lo largo de los dos años del ensayo de campo, el consorcio FID aumentó el contenido de proteínas (+53.71%), alanina (+16.55%), ácido aspártico (+31.13%), ácido gamma-aminobutírico (GABA) (+76.51%), glutamina (+55.17%), glicina (+28.13%), monoetanolamina (MEA) (+19.57%), aminoácidos totales (TAA) (+33.55), EAA (+32.56%) y BCAAs (+45.10%) en comparación con el control. Nuestros hallazgos destacaron el valioso efecto del inoculante microbiano FID en el aumento de varios metabolitos primarios (proteínas y aminoácidos) en los frutos del cultivo de tomate de procesamiento cultivado en condiciones ambientales del sur de Italia, aunque no se apreció efecto en el rendimiento y sus componentes.