Existen muchos factores que afectan el rendimiento y la calidad del arroz durante el cultivo, incluyendo la temperatura, la luz, el agua y la fertilización, entre los cuales la alta temperatura (HT) es uno de los principales factores que afectan el rendimiento y la calidad del arroz. Sin embargo, se sabe poco sobre los efectos y los posibles mecanismos de las diferentes duraciones del estrés por alta temperatura durante la etapa de llenado de grano en la calidad del grano. En este estudio, se estudiaron las diferencias en la calidad del arroz y las características del analizador de viscosidad rápida de almidón (RVA) de ocho variedades de arroz índica bajo diferentes tiempos de tratamiento de alta temperatura simulando alta temperatura en una cámara de clima artificial. La duración prolongada de la HT conduce a un deterioro general de la calidad de molienda, la calidad de apariencia y la calidad de cocción del arroz. El impacto de la duración de la HT en las características del almidón RVA del arroz es más complejo y está principalmente relacionado con las variedades. Entre ellas, las características del almidón RVA de R313 fueron más estables. Cabe destacar que hay una diferencia significativa en la sensibilidad de la calidad de apariencia de 8XR274 y 5W0076 a la duración de la HT, siendo 8XR272 más sensible y 5W0076 lo opuesto. Se seleccionaron estas dos variedades para el análisis del transcriptoma después de 14 días de tratamiento de HT y se encontró que el número de genes expresados diferencialmente (DEGs) en 8XR274 fue significativamente menor que en 5W0076. Los DEGs de 8XR274 estaban principalmente enriquecidos en vías relacionadas con carbohidratos, mientras que 5W0076 estaba principalmente enriquecido en vías relacionadas con la fotosíntesis. Nuestro estudio proporciona una nueva perspectiva sobre la respuesta molecular y los genes relacionados de diferentes variedades de arroz bajo alta temperatura, así como la cría de arroz de alta calidad bajo alta temperatura.