A medida que la población humana crece, la transformación de los paisajes para usos humanos aumenta. En paisajes recientes homogéneos y predominantemente agrícolas, los cambios en la cobertura del suelo y la gestión se consideran los principales impulsores de la diversidad de plantas vasculares. Sin embargo, los efectos específicos de las clases de cobertura del suelo en paisajes heterogéneos completos aún están insuficientemente explorados. Aquí, investigamos dos encuestas florísticas realizadas en 1997 y 2021, acompañadas de clases de cobertura del suelo a escala fina detectadas en 1950, 1999 y 2018, para revelar el impacto de la cobertura del suelo histórica y presente en el patrón de composición de especies y riqueza de especies en los parques nacionales bilaterales Podyjí y Thayatal. Los análisis multidimensionales revelaron que la composición de especies estaba impulsada por la cobertura del suelo histórica a escala fina, la riqueza total de especies se vio mayormente afectada por el fenómeno del río y la riqueza presente se vio mayormente afectada por el aumento de nutrientes en el suelo. En áreas protegidas bien conservadas, es especialmente deseable restaurar las clases de cobertura del suelo que están desapareciendo con una gestión tradicional o compensatoria para mantener la riqueza de especies vegetales, que es un factor clave de la biodiversidad. Sin embargo, los planes de gestión también deben tener en cuenta la creciente cantidad de nitrógeno en los suelos debido a la deposición continua a largo plazo, lo que puede impactar fuertemente la riqueza de especies, incluso en parques nacionales con baja deposición actual.