La urbanización mundial ha traído cambios dramáticos en las estructuras agrícolas, así como seriosas contaminaciones por fuentes no puntuales de nitrógeno y fósforo en la agricultura. Sin embargo, la comprensión del efecto del ajuste de la estructura agrícola en las entradas netas de nitrógeno antropogénico (NANI) aún ha sido limitada. En este documento, se recopilaron datos estadísticos del Anuario Estadístico Agrícola y del Boletín Estadístico de Desarrollo Económico y Social Nacional desde 1990 hasta 2019 en la Cuenca del Río Perla, China, y se utilizaron para analizar los patrones espaciales y temporales de NANI y sus factores influyentes. Los resultados indicaron que el ajuste de la estructura agrícola ha influido significativamente en los patrones espaciales y temporales de NANI en los últimos 30 años en la Cuenca del Río Perla. El NANI disminuyó de 1990 a 2019, y tuvo un patrón espacial de valores más altos en las áreas de aguas arriba y más bajos en las áreas de aguas abajo. En términos de las fuentes de entrada de nitrógeno de NANI, en las regiones económicamente desarrolladas aguas abajo, las entradas de nitrógeno están dominadas por el nitrógeno de alimentos/forrajes, que representó un promedio del 49.6% de las entradas totales de nitrógeno. En las áreas de aguas arriba con un desarrollo económico relativamente bajo, el nitrógeno de fertilizantes representó un promedio del 54.9% de las entradas totales de nitrógeno. También se propuso un nuevo índice de fuente de entrada de nitrógeno de NANI, a saber, la relación de las entradas de nitrógeno agrícola a las entradas de nitrógeno no agrícola de NANI (ASNA), para caracterizar el impacto de la reestructuración de la industria agrícola en los cambios de NANI a lo largo del tiempo. Similar a las características de NANI de 1990 a 2019, el ASNA mostró una tendencia a la baja en el área de estudio. Además, las variables agrícolas (área de tierras agrícolas, consumo de fertilizantes nitrogenados y densidad de cría de ganado) tendieron a contribuir menos a las varianzas explicadas de ASNA, mientras que las contribuciones de los factores no agrícolas (densidad de población y PIB no agrícola) aumentaron de 1990 a 2019. Esto indicó que la contribución de las entradas de nitrógeno de fuentes agrícolas al NANI disminuyó, mientras que la contribución de las entradas de nitrógeno de fuentes no agrícolas aumentó, con los cambios de los sectores agrícolas hacia los sectores secundario y terciario en la Cuenca del Río Perla. Nuestros hallazgos también sugieren que se debe considerar un enfoque regional diferenciado para la gestión de la contaminación por nitrógeno en la Cuenca del Río Perla, que se centra en la gestión de la contaminación por nitrógeno de fuentes no agrícolas en las áreas de aguas abajo, pero destaca la gestión de la contaminación por nitrógeno agrícola en las áreas de aguas arriba.