Los desechos urbano-industriales y agrícolas pueden añadir cantidades significativas de contaminantes a las aguas superficiales. Por lo tanto, se evaluó el agua superficial de los lagos Mikri Prespa y Kastoria por sus efectos tóxicos, genotóxicos y citotóxicos. Se recolectaron muestras de agua durante la primavera de dos años diferentes (S1 y S2) para investigar los efectos antropogénicos en ambos lagos. Se identificaron parámetros fisicoquímicos, mientras que se determinaron elementos significativos a través de ICP-MS/MS. Se aplicó el ensayo de micronúcleo bloqueador de citocinesis (CBMN) in vitro en linfocitos humanos cultivados y el bioensayo de Aliivibrio fischeri para evaluar los efectos genotóxicos-citotóxicos y tóxicos, respectivamente. En el ensayo CBMN, se observaron diferencias significativas en los índices genotóxicos y citotóxicos entre los diferentes períodos de tiempo. Los índices disminuidos en S2 podrían correlacionarse con una posible disminución en el efecto humano negativo sobre el medio ambiente a lo largo de los lagos. En el bioensayo de Aliivibrio fischeri, no se observó una diferencia significativa en la toxicidad de las muestras de agua superficial del lago Mikri Prespa, mientras que se identificaron diferencias significativas en las muestras del lago Kastoria. Las diferencias en los efectos tóxicos, genotóxicos y citotóxicos revelan el impacto y la influencia de las actividades antropogénicas en las áreas de tierra alrededor de los lagos en relación con la calidad de su agua superficial.