Los crustáceos marinos están gravemente amenazados por factores ambientales como la acidificación del océano, pero, a pesar del impacto negativo de este último en el crecimiento, la muda y la inmunidad, sus efectos sobre la microflora intestinal siguen siendo poco comprendidos. Este trabajo estudió la morfología intestinal y la microflora intestinal de , cultivados en agua de mar de diferentes niveles de pH: 8.1 (grupo de control), 7.4 (grupo AC74) y 7.0 (grupo AC70). Se encontró que la acidificación del océano causaba daño intestinal, mientras alteraba significativamente la composición de la microflora. Sin embargo, la alfa-diversidad no difirió significativamente entre los grupos. A nivel de filo, la abundancia relativa de Proteobacteria disminuyó en los grupos de acidificación, mientras que a nivel de género, la abundancia relativa de disminuyó. fue un biomarcador discriminativo prominente en el grupo AC74, con Actinobacteriota, Micrococcales, Beijerinckiaceae, y Flavobacteriales siendo los principales en el grupo AC70. Los resultados de la predicción de funciones también indicaron un enriquecimiento de rutas relacionadas con el metabolismo para los grupos de acidificación. Al mismo tiempo, aquellas relacionadas con la biodegradación y el metabolismo de xenobióticos fueron inhibidas en AC74 pero mejoradas en AC70. Este es el primer estudio que examina el impacto de la acidificación del océano en la microflora intestinal de los crustáceos. Se espera que los resultados proporcionen una mejor comprensión de las interacciones entre los camarones y su microflora en respuesta a los estresores ambientales.