La caracterización de la estructura de la red capilar cardíaca es de vital importancia para entender las propiedades funcionales coronarias normales y las enfermedades microvasculares coronarias. El objetivo de nuestro estudio fue establecer una metodología accesible para la imagenología 3D y el procesamiento 3D para caracterizar cuantitativamente la arquitectura de la red capilar coronaria en ratones. Los experimentos se realizaron en ratones C57BL/6J. La imagenología 3D se llevó a cabo mediante microscopía de hoja de luz y microscopía confocal en corazones ópticamente aclarados iDISCO+ después de etiquetar el endotelio capilar mediante inyección de lectina. Las imágenes 3D se procesaron con el software de código abierto ImageJ. La segmentación de imágenes no visuales se basó en la distribución de frecuencia de los valores de escala de grises de los voxeles, seguida de la esquelotización y el mapeo de distancias. Las redes capilares en los ventrículos izquierdo y derecho y el septo se caracterizaron por la densidad de volumen de la red, la dimensión fractal, el número de segmentos y nodos y su relación, la longitud total de la red, y la longitud promedio, diámetro y tortuosidad de los segmentos. Los valores de parámetros dependientes de la escala pueden verse afectados por el límite de resolución de la técnica de imagenología 3D. La metodología estandarizada propuesta para el procesamiento de imágenes 3D es fácilmente accesible para un biólogo en términos de inversión y nivel de dificultad, y permite la cuantificación de la arquitectura capilar 3D y su comparación estadística en diferentes condiciones.