La composición espectral de la luz influye en la biosíntesis de flavonoides en muchas plantas. Sin embargo, la composición detallada de flavonoides y antocianinas y la base molecular para su biosíntesis en los frutos de fresa bajo dos tratamientos de calidad de luz, luz roja suplementada con luz azul (RB) y radiación ultravioleta B (UVB), siguen siendo poco claras. En este estudio, el contenido de flavonoides y antocianinas se incrementó significativamente en los frutos de fresa bajo luz RB y UVB, respectivamente. El contenido de flavonoides y antocianinas en los frutos de fresa bajo luz UVB fue dramáticamente mayor que en los frutos de fresa irradiados con luz RB, y se detectaron un total de 518 metabolitos mediante análisis de LC-MS/MS. Entre ellos, 18 ácidos fenólicos, 23 flavonoides y 8 antocianinas se acumularon diferencialmente en los frutos de fresa irradiados con luz roja/azul (RB) en comparación con 30 ácidos fenólicos, 46 flavonoides y 9 antocianinas en frutos irradiados con UVB. Los principales genes asociados con la biosíntesis de flavonoides y antocianinas, incluidos los genes estructurales y factores de transcripción (TFs), se expresaron de manera diferencial en los frutos de fresa bajo irradiación RB y UVB, según se determinó a través del análisis de datos de RNA-seq. Una prueba de correlación de transcriptoma y perfilado de metabolitos mostró que los patrones de expresión de la mayoría de los genes en la vía de biosíntesis de flavonoides y antocianinas estaban estrechamente correlacionados con la acumulación diferencial de flavonoides y antocianinas. Dos TFs, bZIP y AP2, inducidos por la irradiación RB y UVB, respectivamente, exhibieron patrones de expresión similares a la mayoría de los genes estructurales, que estaban estrechamente correlacionados con seis y ocho flavonoides, respectivamente. Estos resultados indicaron que estos dos TFs regulaban la biosíntesis de flavonoides y antocianinas en el fruto de fresa bajo luz RB y UVB, respectivamente. Estos resultados proporcionan una comprensión sistemática y completa de la acumulación de flavonoides y antocianinas y la base molecular para su biosíntesis en los frutos de fresa bajo luz RB y UVB.