Un estudio combinado de mapeo de ligamiento y estudio de asociación de todo el genoma identificó QTLs asociados con la forma y el peso del grano en arroz (Oryza sativa L.)
Autores: Kang, Ju-Won; Kabange, Nkulu Rolly; Phyo, Zarchi; Park, So-Yeon; Lee, So-Myeong; Lee, Ji-Yun; Shin, Dongjin; Cho, Jun Hyeon; Park, Dong-Soo; Ko, Jong-Min; Lee, Jong-Hee
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2020
Acceso abierto
Artículo científico
2020
Un estudio combinado de mapeo de ligamiento y estudio de asociación de todo el genoma identificó QTLs asociados con la forma y el peso del grano en arroz (Oryza sativa L.)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Qtl
Forma del grano
Peso del grano
Cromosoma 5
Lod
Fenotipo
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 22
Citaciones: Sin citaciones
En el estudio actual, utilizamos una estrategia conjunta de mapeo de ligamiento y Estudio de Asociación del Genoma Completo (GWAS) para investigar loci de rasgos cuantitativos (QTLs) que gobiernan la forma y el peso del grano de arroz en una población de haploides dobles (DH), utilizando marcadores de PCR Alelo-Específica Competitiva (KASP). Los resultados revelaron la co-detección de los QTLs, (Cromosoma 12), (Cromosoma 3) y (Cromosoma 5), asociados con la longitud, anchura y relación longitud-anchura del grano, tanto por mapeo de ligamiento como por GWAS. Además, (logaritmo de las probabilidades (LOD): 18.0, arroz trasplantado tarde) y (LOD: 8.1, arroz trasplantado temprano), y (LOD: 34.5), detectados solo por mapeo de ligamiento, registraron una alta variación fenotípica explicada (PVE) de 32.5%, 19.3% y 37.7% para la longitud del grano y la relación longitud-anchura del grano, respectivamente, contribuida por el alelo de 93-11. Mientras tanto, (LOD: 17.2) registró una alta PVE (31.7%) para el ancho del grano, y el alelo de Milyang352 contribuyó a la variación fenotípica observada. Además, (LOD: 21.9) tuvo una alta PVE (23.3%) para el grosor del grano. Del mismo modo, (LOD: 8.6) mostró una alta contribución a la PVE para el peso del grano (23.4%). Además, los QTLs, , , , y coincidieron en el cromosoma 5, delimitados por los marcadores KJ05_17 y KJ05_13. Por lo tanto, se sugiere que estos QTLs gobiernan la forma y el peso del grano de arroz. Además, los genes candidatos identificados podrían desempeñar roles activos en la regulación de la forma y el peso del grano de arroz, en relación con sus funciones predichas y similitud con genes informados previamente. Se requieren estudios de cría y funcionales posteriores para dilucidar los roles de estos genes candidatos en la regulación de la forma y el peso del grano en arroz.
Descripción
En el estudio actual, utilizamos una estrategia conjunta de mapeo de ligamiento y Estudio de Asociación del Genoma Completo (GWAS) para investigar loci de rasgos cuantitativos (QTLs) que gobiernan la forma y el peso del grano de arroz en una población de haploides dobles (DH), utilizando marcadores de PCR Alelo-Específica Competitiva (KASP). Los resultados revelaron la co-detección de los QTLs, (Cromosoma 12), (Cromosoma 3) y (Cromosoma 5), asociados con la longitud, anchura y relación longitud-anchura del grano, tanto por mapeo de ligamiento como por GWAS. Además, (logaritmo de las probabilidades (LOD): 18.0, arroz trasplantado tarde) y (LOD: 8.1, arroz trasplantado temprano), y (LOD: 34.5), detectados solo por mapeo de ligamiento, registraron una alta variación fenotípica explicada (PVE) de 32.5%, 19.3% y 37.7% para la longitud del grano y la relación longitud-anchura del grano, respectivamente, contribuida por el alelo de 93-11. Mientras tanto, (LOD: 17.2) registró una alta PVE (31.7%) para el ancho del grano, y el alelo de Milyang352 contribuyó a la variación fenotípica observada. Además, (LOD: 21.9) tuvo una alta PVE (23.3%) para el grosor del grano. Del mismo modo, (LOD: 8.6) mostró una alta contribución a la PVE para el peso del grano (23.4%). Además, los QTLs, , , , y coincidieron en el cromosoma 5, delimitados por los marcadores KJ05_17 y KJ05_13. Por lo tanto, se sugiere que estos QTLs gobiernan la forma y el peso del grano de arroz. Además, los genes candidatos identificados podrían desempeñar roles activos en la regulación de la forma y el peso del grano de arroz, en relación con sus funciones predichas y similitud con genes informados previamente. Se requieren estudios de cría y funcionales posteriores para dilucidar los roles de estos genes candidatos en la regulación de la forma y el peso del grano en arroz.