El arroz se consume generalmente en forma de arroz descascarillado. El rendimiento total de arroz descascarillado y arroz de cabeza está afectado tanto por el rendimiento de arroz en cáscara como por la eficiencia del descascarillado. En este estudio, se utilizaron tres poblaciones de líneas recombinantes (RIL) y una población F derivada de una planta heterocigota residual (RH) para determinar los loci de rasgos cuantitativos (QTLs) que afectan el rendimiento del descascarillado del arroz. Se analizaron siete rasgos, incluida la recuperación de arroz moreno (BR), arroz descascarillado (MR) y arroz de cabeza (HR); rendimiento de grano (GY); y el rendimiento de arroz moreno (BRY), arroz descascarillado (MRY) y arroz de cabeza (HRY). Se detectaron un total de 77 QTL distribuidos en 35 regiones en las tres poblaciones RIL. Cuatro regiones, donde , , y se ubicaron, fueron validadas en la población F derivada de RH. En las tres poblaciones RIL, los 11 QTL para GY detectados estaban acompañados de QTL para dos o los tres rasgos de rendimiento del descascarillado. No solo la dirección del alelo para los rasgos de rendimiento del descascarillado no cambió, sino que los efectos también fueron consistentes con GY. En la población F derivada de RH, las regiones que controlan GY también afectaron los tres rasgos de rendimiento del descascarillado. Los resultados indicaron que las variaciones de BRY y MRY se atribuyeron principalmente a GY, pero HRY fue determinado tanto por GY como por HR. Los resultados también mostraron que las regiones que cubren los loci tenían efectos importantes en la calidad del descascarillado y el rendimiento del arroz. Estas dos regiones, que se sabe que afectan múltiples rasgos que determinan la calidad del grano y el rendimiento del arroz, son buenos candidatos para mejorar el rendimiento del descascarillado.