Identificación sistemática de los genes de mantenimiento óptimos para un perfilado transcriptómico y proteómico preciso de tejidos tras una lesión traumática compleja
Autores: Dragon, Andrea H.; Rowe, Cassie J.; Rhodes, Alisha M.; Pak, Olivia L.; Davis, Thomas A.; Ronzier, Elsa
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación sistemática de los genes de mantenimiento óptimos para un perfilado transcriptómico y proteómico preciso de tejidos tras una lesión traumática compleja
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Bioingeniería
Palabras clave
Trauma
Expresión génica
Genes de mantenimiento
Tipos de tejido
Algoritmos computacionales
Normalización
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 20
Citaciones: Sin citaciones
Los desencadenantes del trauma activan cascadas críticas de señalización molecular y celular que impulsan resultados biológicos y recuperación. Las variaciones en la expresión génica de genes de referencia endógenos comunes (HKGs) utilizados en la normalización de datos difieren entre tipos de tejidos y estados patológicos. De manera sistemática, investigamos la estabilidad génica de nueve HKGs (, , , , , , , , y ) en tejidos propensos a disfunción de órganos remotos (pulmón, hígado, riñón y músculo) después de un trauma en las extremidades. Algoritmos computacionales (geNorm, Normfinder, Ct, BestKeeper, RefFinder) se aplicaron para estimar la estabilidad de la expresión de cada HKG o combinaciones de ellos, dentro y entre tejidos, tanto en condiciones de estado estable como inflamatorias sistémicas. fue clasificado como el más adecuado en el pulmón, riñón y músculo esquelético sanos e lesionados, mientras que y fueron los más adecuados en el hígado sano y lesionado, respectivamente. Sin embargo, la media geométrica de los tres genes más estables se consideró el control de referencia interno más estable. y fueron los menos estables en tejidos normales, mientras que y fueron los menos estables en todos los tejidos después del trauma. Los valores de Ct tuvieron una correlación pobre con la traducción de ARNm a proteína. Nuestros resultados proporcionan un recurso valioso para la normalización precisa de la expresión génica en experimentos relacionados con el trauma.
Descripción
Los desencadenantes del trauma activan cascadas críticas de señalización molecular y celular que impulsan resultados biológicos y recuperación. Las variaciones en la expresión génica de genes de referencia endógenos comunes (HKGs) utilizados en la normalización de datos difieren entre tipos de tejidos y estados patológicos. De manera sistemática, investigamos la estabilidad génica de nueve HKGs (, , , , , , , , y ) en tejidos propensos a disfunción de órganos remotos (pulmón, hígado, riñón y músculo) después de un trauma en las extremidades. Algoritmos computacionales (geNorm, Normfinder, Ct, BestKeeper, RefFinder) se aplicaron para estimar la estabilidad de la expresión de cada HKG o combinaciones de ellos, dentro y entre tejidos, tanto en condiciones de estado estable como inflamatorias sistémicas. fue clasificado como el más adecuado en el pulmón, riñón y músculo esquelético sanos e lesionados, mientras que y fueron los más adecuados en el hígado sano y lesionado, respectivamente. Sin embargo, la media geométrica de los tres genes más estables se consideró el control de referencia interno más estable. y fueron los menos estables en tejidos normales, mientras que y fueron los menos estables en todos los tejidos después del trauma. Los valores de Ct tuvieron una correlación pobre con la traducción de ARNm a proteína. Nuestros resultados proporcionan un recurso valioso para la normalización precisa de la expresión génica en experimentos relacionados con el trauma.