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Identificación sistemática de los genes de mantenimiento óptimos para un perfilado transcriptómico y proteómico preciso de tejidos tras una lesión traumática compleja

Autores: Dragon, Andrea H.; Rowe, Cassie J.; Rhodes, Alisha M.; Pak, Olivia L.; Davis, Thomas A.; Ronzier, Elsa

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

Identificación sistemática de los genes de mantenimiento óptimos para un perfilado transcriptómico y proteómico preciso de tejidos tras una lesión traumática compleja


Categoría

Ingeniería y Tecnología

Subcategoría

Bioingeniería

Palabras clave

Trauma
Expresión génica
Genes de mantenimiento
Tipos de tejido
Algoritmos computacionales
Normalización

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 20

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Los desencadenantes del trauma activan cascadas críticas de señalización molecular y celular que impulsan resultados biológicos y recuperación. Las variaciones en la expresión génica de genes de referencia endógenos comunes (HKGs) utilizados en la normalización de datos difieren entre tipos de tejidos y estados patológicos. De manera sistemática, investigamos la estabilidad génica de nueve HKGs (, , , , , , , , y ) en tejidos propensos a disfunción de órganos remotos (pulmón, hígado, riñón y músculo) después de un trauma en las extremidades. Algoritmos computacionales (geNorm, Normfinder, Ct, BestKeeper, RefFinder) se aplicaron para estimar la estabilidad de la expresión de cada HKG o combinaciones de ellos, dentro y entre tejidos, tanto en condiciones de estado estable como inflamatorias sistémicas. fue clasificado como el más adecuado en el pulmón, riñón y músculo esquelético sanos e lesionados, mientras que y fueron los más adecuados en el hígado sano y lesionado, respectivamente. Sin embargo, la media geométrica de los tres genes más estables se consideró el control de referencia interno más estable. y fueron los menos estables en tejidos normales, mientras que y fueron los menos estables en todos los tejidos después del trauma. Los valores de Ct tuvieron una correlación pobre con la traducción de ARNm a proteína. Nuestros resultados proporcionan un recurso valioso para la normalización precisa de la expresión génica en experimentos relacionados con el trauma.

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