Las principales rutas de la red de difusión del conocimiento pueden revelar los actores importantes y el proceso de difusión, lo que tiene una gran importancia en la mejora de la eficiencia de la difusión del conocimiento. Debido a la elección de caminos independientes por parte de los actores del proyecto, las redes de difusión del conocimiento muestran una característica dinámica en los proyectos de innovación colaborativa. Teniendo en cuenta esta característica dinámica, se propone un método de análisis de rutas principales dinámicas para el contexto del proyecto. El método, construido mediante modelado de simulación en MATLAB, propone índices de cálculo y estrategias de análisis. Se lleva a cabo una aplicación contrastiva de dos tipos principales de análisis de rutas (el método de análisis de rutas principales y el método de análisis de rutas principales dinámicas) a través de un caso de proyecto de innovación colaborativa, con el fin de verificar la efectividad y aplicabilidad de este método. Los resultados de la comparación muestran que las rutas principales identificadas por el nuevo método son más consistentes con las rutas principales reales en la práctica de difusión del conocimiento, y el nivel de flujo de conocimiento a través de las rutas principales es más alto. Por lo tanto, nuestra conclusión es que el método de análisis de rutas principales dinámicas propuesto en esta investigación tiene una alta aplicabilidad y precisión para identificar las rutas principales en los proyectos de innovación colaborativa.