La asociación entre la germinación previa a la cosecha (PHS) y el color de la cubierta de la semilla ha sido reconocida durante mucho tiempo. Los trigos de grano rojo generalmente exhiben una mayor resistencia a la PHS en comparación con el trigo de grano blanco, aunque existe variabilidad en la resistencia a la PHS dentro de las variedades de grano rojo. Aquí, realizamos un estudio de asociación a nivel genómico en un panel compuesto por variedades de trigo de grano rojo, con el objetivo de descubrir genes que modulan la resistencia a la PHS y los componentes de color rojo de la cubierta de la semilla utilizando procesamiento de imágenes digitales. Se identificaron doce loci asociados con rasgos de PHS, nueve de los cuales se describieron por primera vez. Los loci genéticos marcados por SNPs (cromosoma 1B) y (cromosoma 7D) explicaron aproximadamente el 25% de la varianza del índice de germinación, destacando su valor para la mejora de variedades resistentes a la PHS. El gen candidato más prometedor para la resistencia a la PHS fue , que codifica una proteína involucrada en la morfogénesis de la capa de aleurona. Veintiséis SNPs se asociaron significativamente con el color del grano, independientemente del gen conocido. La mayoría de ellos estaban relacionados con múltiples características de color. La priorización de genes dentro de los loci revelados identificó y , involucrados en la regulación de la biosíntesis de pigmentos y en el control de la acumulación de pigmentos. En conclusión, nuestro estudio identifica nuevos loci asociados con el color del grano y el índice de germinación, proporcionando información sobre los mecanismos genéticos subyacentes a estos rasgos.