Cuando se enfrentan a tormentas de lluvia y disturbios por inundaciones, los procesos operativos de los sistemas de metro urbanos demuestran vulnerabilidades a ataques, resistencia inadecuada y características de recuperación lenta. La resiliencia ante inundaciones de los procesos operativos de los sistemas de metro urbanos requiere mejoras urgentes. Este documento tiene como objetivo mejorar la resiliencia ante inundaciones de los procesos operativos del metro urbano proponiendo un marco de mejora de resiliencia en tres etapas: resiliencia de prevención, resiliencia de respuesta y resiliencia de aprendizaje. Además, resume los factores que influyen en la resiliencia ante inundaciones de los sistemas de metro urbanos desde cinco dimensiones: natural-física-social-gestión-económica (NPSME). Al emplear dinámicas de sistemas como herramienta de simulación, este estudio elucida las interconexiones lógicas entre estos factores influyentes. Además, al utilizar condiciones de cambio económico como un ejemplo ilustrativo, simula efectivamente las características de respuesta tanto de escenarios de referencia estandarizados como de escenarios de cambio económico. Basado en estos resultados de simulación, se proponen estrategias correspondientes para la mejora de la resiliencia ante inundaciones, ofreciendo valiosas perspectivas para la gestión de operaciones del metro. El sistema de metro de Nanjing fue tomado como un estudio de caso, donde se recopilaron datos históricos relevantes y se simularon estrategias para diferentes escenarios de desarrollo para validar la efectividad y racionalidad del método propuesto para mejorar la resiliencia. Los resultados de la simulación demuestran que los cambios en las condiciones económicas y la estructura poblacional son los principales factores que influyen en la mejora de la resiliencia ante inundaciones en las operaciones de los sistemas de metro urbanos.