En plantas superiores, varias líneas de evidencia sugieren que los ARN largos no codificantes (lncRNAs) pueden desempeñar roles importantes en la regulación de varios procesos biológicos al regular la expresión génica. En este estudio, identificamos un total de 521 lncRNAs, clasificados como lncRNAs intergénicos, intrónicos, de sentido y antisentido natural, a partir de datos de RNA-seq de hojas de tomate expuestas a la sequía. Se predijo que otros 244 lncRNAs de tomate responsivos a la sequía son posibles objetivos de 92 miARNs de tomate. El patrón de expresión y el análisis funcional preliminar de los posibles objetivos de ARNm sugirieron que los lncRNAs de tomate responsivos a la sequía desempeñan roles importantes en una variedad de procesos biológicos a través de la coexpresión lncRNA-ARNm. En conjunto, estos datos presentan una visión integral de los lncRNAs de tomate responsivos a la sequía que sirven como punto de partida para comprender el papel de los ARN largos no codificantes intergénicos en los mecanismos regulatorios subyacentes a las respuestas a la sequía en los cultivos.