La regulación de los genes de los canales iónicos activados por nucleótidos cíclicos (CNGC) desempeña roles importantes en la respuesta inmune de las plantas y en la respuesta al estrés abiótico. Aquí, identificamos 16 genes CNGC en arroz (Oryza sativa). Luego, analizamos su ubicación cromosómica, propiedades fisicoquímicas, localización subcelular, red de interacción funcional de genes, elementos cis-actuantes, relaciones filogenéticas, colinealidad, expresión en tejidos bajo condiciones normales y estrés abiótico, y diversidad de haplotipos geng-cds (gcHap) en 3010 gcHaps. Como resultado, () fue identificado como un gen diferente al informe previo, y se encontró que los genes desempeñan roles importantes en la diferenciación de poblaciones de arroz y en la mejora del arroz. Nuestros resultados revelaron una diferenciación muy fuerte entre subespecies y poblaciones, roles importantes en la respuesta a estrés abiótico, así como fuertes efectos de cuellos de botella genéticos y selección artificial de la diversidad de gcHap en el proceso de mejora moderna de las poblaciones de Xian (indica) y Geng (japonica). Los resultados también sugirieron que las variaciones naturales en la mayoría de los loci CNGC del arroz son potencialmente valiosas para mejorar la productividad del arroz y la tolerancia a los estreses abióticos. Los alelos favorables en los loci CNGC deberían ser explorados para facilitar su aplicación en la mejora futura del arroz.