Los factores de transcripción desempeñan roles importantes en muchos organismos. Estos factores de transcripción están involucrados en procesos como la formación de la estructura del órgano floral y el desarrollo de las semillas en las plantas. Tiene dos versiones del genoma (versión 2019 y versión 2021), y no hay análisis ni comparación de la familia de genes en estos dos genomas. En este estudio, se identificaron 26 y 20 genes de los dos genomas de Ginkgo, de los cuales 12 pares de genes alcanzaron más del 80% de similitud. Según nuestros resultados de análisis filogenético, dividimos estos genes en miembros del tipo I (subfamilias Malpha y M) y del tipo II (subfamilias MIKC y M). Encontramos que ambos conjuntos de genomas carecían del gen Mbeta, mientras que el gen MIKC era el más numeroso. Un análisis adicional de la estructura del gen mostró que los genes MIKC en los dos genomas tenían intrones extralargos (>=20 kb); estos intrones tenían diferentes patrones de empalme, y su expresión podría ser más abundante. El análisis de expresión génica demostró que los genes se expresaron en diferentes grados en ocho tejidos biológicos de Ginkgo. Los genes del tipo II no solo se encontraron relacionados con la diferenciación y el desarrollo de los brotes florales femeninos, sino que también son importantes en el desarrollo de las semillas. Por lo tanto, los genes pueden desempeñar roles importantes en el desarrollo de los órganos reproductivos de Ginkgo, lo que puede sugerir un papel genético en la diferenciación sexual. Este estudio contribuye aún más a la investigación sobre los genes y proporciona nuevas perspectivas sobre la determinación del sexo en Ginkgo.