Identificación y caracterización a nivel genómico de SNPs e InDels de var. de México basado en secuenciación del genoma completo
Autores: Moreno-Contreras, Valeria Itzel; Delgado-Gardea, Ma. Carmen E.; Ramos-Hernández, Jesús A.; Mendez-Tenorio, Alfonso; Varela-Rodríguez, Hugo; Sánchez-Ramírez, Blanca; Muñoz-Ramírez, Zilia Y.; Infante-Ramírez, Rocío
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Identificación y caracterización a nivel genómico de SNPs e InDels de var. de México basado en secuenciación del genoma completo
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Cultivo hortícola
Chiles
Ancestro genético
Variantes
Genoma
SNPs
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
var. es un cultivo hortícola de importancia económica y se considera el ancestro genético silvestre de los chiles. El rango de distribución se extiende desde el sur de América del Norte, a través de América Central, hasta América del Sur. Aproximadamente se generaron 226 millones de lecturas de extremos emparejados de CHMX_Ch1 (un de Chihuahua, México). Para comparar con el genoma de CHMX_Ch1, se descargaron lecturas de alta calidad de QO (un de Querétaro, México) de la base de datos de NCBI. Se detectaron un total de 210,324 variantes en CHMX_Ch1, mientras que se identificaron 169,718 variantes en QO, todas comparadas con el genoma de referencia domesticado, UCD10Xv1.1. Esto comprendió 203,990 SNPs y 6334 InDels en CHMX_Ch1 y 164,955 SNPs y 4763 InDels en QO. Las variantes con impacto alto y moderado se identificaron como efectos de cambio de sentido, aceptador de empalme, donador de empalme, pérdida de inicio, ganancia de parada, pérdida de parada, desplazamiento de marco, inserción y efectos de eliminación. Los genes candidatos con los valores de enriquecimiento más altos entre los SNPs estaban predominantemente involucrados en la regulación génica y procesos metabólicos. Los InDels se asociaron con la actividad de reguladores nucleares y transcripcionales en ambos genomas. En general, se encontró un mayor número de variantes en CHMX_Ch1 en comparación con QO. Este estudio proporciona conocimiento sobre las funciones principales asociadas con variantes de impacto alto y moderado y suministra un recurso para futuras investigaciones de las características genéticas de estos chiles chiltepin.
Descripción
var. es un cultivo hortícola de importancia económica y se considera el ancestro genético silvestre de los chiles. El rango de distribución se extiende desde el sur de América del Norte, a través de América Central, hasta América del Sur. Aproximadamente se generaron 226 millones de lecturas de extremos emparejados de CHMX_Ch1 (un de Chihuahua, México). Para comparar con el genoma de CHMX_Ch1, se descargaron lecturas de alta calidad de QO (un de Querétaro, México) de la base de datos de NCBI. Se detectaron un total de 210,324 variantes en CHMX_Ch1, mientras que se identificaron 169,718 variantes en QO, todas comparadas con el genoma de referencia domesticado, UCD10Xv1.1. Esto comprendió 203,990 SNPs y 6334 InDels en CHMX_Ch1 y 164,955 SNPs y 4763 InDels en QO. Las variantes con impacto alto y moderado se identificaron como efectos de cambio de sentido, aceptador de empalme, donador de empalme, pérdida de inicio, ganancia de parada, pérdida de parada, desplazamiento de marco, inserción y efectos de eliminación. Los genes candidatos con los valores de enriquecimiento más altos entre los SNPs estaban predominantemente involucrados en la regulación génica y procesos metabólicos. Los InDels se asociaron con la actividad de reguladores nucleares y transcripcionales en ambos genomas. En general, se encontró un mayor número de variantes en CHMX_Ch1 en comparación con QO. Este estudio proporciona conocimiento sobre las funciones principales asociadas con variantes de impacto alto y moderado y suministra un recurso para futuras investigaciones de las características genéticas de estos chiles chiltepin.