Los factores de transcripción (TFs) son las proteínas reguladoras que actúan como interruptores moleculares en el control de la expresión génica en respuesta al estrés. Entre ellos, la familia de factores de transcripción MYB es una de las más grandes en plantas, desempeñando un papel significativo en el crecimiento, desarrollo, señalización de fitohormonas y procesos en respuesta al estrés. El mijo perla (L.) es una de las plantas de cultivo C4 más importantes de las regiones áridas y semiáridas de África y el sudeste asiático para mantener la producción de alimentos y forraje. Para explorar el mecanismo evolutivo y la diversidad funcional de la familia MYB en el mijo perla, realizamos una encuesta genómica exhaustiva y identificamos 279 TFs MYB (PgMYB) en el mijo perla, distribuidos de manera desigual en siete cromosomas del mijo perla. Un análisis filogenético de los PgMYBs identificados los clasificó en 18 subgrupos, y los miembros del mismo grupo mostraron una estructura génica similar y un patrón de motivos conservados. Además, se identificaron eventos de duplicación en el mijo perla que indicaron una progresión evolutiva y expansión de la familia MYB. Los datos de transcriptoma y el análisis de expresión relativa mediante qRT-PCR identificaron candidatos expresados diferencialmente (, , y ) bajo deshidratación, salinidad, estrés térmico y tratamiento con fitohormonas (ABA, SA y MeJA). En conjunto, este estudio proporciona información valiosa para una caracterización funcional prospectiva de los miembros de la familia MYB del mijo perla y su aplicación en la mejora genética de las plantas de cultivo.