Las malas hierbas afectan seriamente el rendimiento y la calidad de los cultivos. Debido a que la eliminación manual de malas hierbas es un proceso que consume mucho tiempo y es laborioso, el uso de herbicidas se convierte en una forma efectiva de resolver el daño causado por las malas hierbas en los campos. Tanto los genes de 5-enolpiruvil shikimato-3-fosfato sintasa como los genes de acetiltransferasa (resistencia a bialafos) se utilizan ampliamente para mejorar la resistencia de los cultivos a los herbicidas. Sin embargo, el algodón, como el cultivo de fibra natural más importante, no es tolerante a los herbicidas en China, y los genes de las familias mencionadas aún no se han caracterizado en el algodón. Por lo tanto, exploramos los genes de estas dos familias para proporcionar genes candidatos para el estudio de los mecanismos de resistencia a herbicidas. En este estudio, se identificaron 8, 8, 4 y 5 genes y 6, 6, 5 y 5 genes en allotetraploides y diploides, respectivamente. Los miembros de las familias se clasificaron en tres subgrupos basados en la distribución de los árboles filogenéticos, motivos conservados y estructuras génicas. Además, las secuencias promotoras de los miembros de las familias incluían elementos relacionados con el crecimiento y desarrollo, el estrés y las hormonas. Basado en el análisis de expresión, los miembros de la familia mostraron expresión específica de tejido y difirieron significativamente en respuesta a estreses abióticos. Finalmente, el análisis de qRT-PCR reveló que los niveles de expresión de ciertos genes se regulaban significativamente al alza después de la pulverización exógena de herbicidas. En general, caracterizamos las familias de genes del algodón a nivel genómico, lo que proporcionará una base para estudiar más a fondo las funciones de estos genes durante el crecimiento, el desarrollo y el estrés por herbicidas.