El género contiene especies que revelan propiedades terapéuticas y son principalmente importantes en medicina y la industria de alimentos funcionales. Su cría, cultivo y utilización se basan en una correcta identificación del germoplasma/planta, lo cual es difícil de lograr utilizando características morfológicas. Por esta razón, aplicamos citometría de flujo y reacción en cadena de polimerasa de repeticiones simples intercaladas (ISSR-PCR) para una identificación rápida y precisa de las especies. La estimación del tamaño del genoma por citometría de flujo se propuso como el método de elección para un rápido cribado de accesiones. De las 12 accesiones probadas, fue posible identificar seis genotipos basados en la estimación del tamaño del genoma, mientras que todas las especies y variedades fueron identificadas utilizando marcadores ISSR. Los análisis citométricos de flujo revelaron que las especies poseían genomas muy pequeños (1.45-2.77 pg/2C), pequeños (2.81-3.80 pg/2C) e intermedios (11.06 pg/2C), pero la mayoría de las accesiones poseían genomas muy pequeños. Además, este es el primer informe sobre la evaluación del tamaño del genoma para ocho de las accesiones. Las relaciones entre las accesiones investigadas mostraron la presencia de dos grupos representando especies malvoides y lavateroides. La citometría de flujo y los marcadores moleculares ISSR pueden ser utilizados de manera efectiva en la identificación y caracterización genética de las especies.