Identificación y análisis a nivel genómico de la familia de genes en el bambú Moso ()
Autores: Huang, Feiyi; Wang, Jiaxin; Tang, Chao
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación y análisis a nivel genómico de la familia de genes en el bambú Moso ()
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Proteínas de dedo de zinc-homeodominio
Bambú moso
Análisis filogenético
Familia de genes
Respuestas al estrés
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
Las proteínas de dedo de zinc y dominio homeótico (ZF-HD) desempeñan roles esenciales en el crecimiento, desarrollo y respuestas al estrés de las plantas. Sin embargo, el conocimiento sobre la expresión y la historia evolutiva de los genes en el bambú moso sigue siendo limitado. En este estudio, se encontraron un total de 24 genes distribuidos de manera desigual en 12 cromosomas en el bambú moso. El análisis filogenético indicó que los genes se dividieron en dos subfamilias: ZHD y MIF. Los genes de la subfamilia ZHD se clasificaron además en siete grupos según sus relaciones ortólogas con el arroz y la familia de genes. Se analizaron las estructuras de los genes y los motivos conservados de los mismos. La duplicación del genoma completo (WGD) o la duplicación segmentaria promovieron la evolución y expansión de la familia de genes del bambú moso. Las razones Ka/Ks sugirieron que los veinticuatro pares de duplicación habían experimentado selección purificadora. El análisis de promotores mostró que la mayoría de los genes contenían elementos asociados con respuestas al estrés y hormonas. El análisis de expresión demostró que muchos genes eran sensibles al tratamiento de estrés abiótico. En general, este trabajo investigó genes en el bambú moso utilizando enfoques bioinformáticos. La investigación evolutiva sobre la estructura de los genes, la distribución de motivos y los elementos reguladores indicó que los genes desempeñan roles distintos en los procesos biológicos, lo que proporciona una base teórica para explorar las funciones fisiológicas de los genes y seleccionar genes candidatos relacionados con el estrés en el bambú moso.
Descripción
Las proteínas de dedo de zinc y dominio homeótico (ZF-HD) desempeñan roles esenciales en el crecimiento, desarrollo y respuestas al estrés de las plantas. Sin embargo, el conocimiento sobre la expresión y la historia evolutiva de los genes en el bambú moso sigue siendo limitado. En este estudio, se encontraron un total de 24 genes distribuidos de manera desigual en 12 cromosomas en el bambú moso. El análisis filogenético indicó que los genes se dividieron en dos subfamilias: ZHD y MIF. Los genes de la subfamilia ZHD se clasificaron además en siete grupos según sus relaciones ortólogas con el arroz y la familia de genes. Se analizaron las estructuras de los genes y los motivos conservados de los mismos. La duplicación del genoma completo (WGD) o la duplicación segmentaria promovieron la evolución y expansión de la familia de genes del bambú moso. Las razones Ka/Ks sugirieron que los veinticuatro pares de duplicación habían experimentado selección purificadora. El análisis de promotores mostró que la mayoría de los genes contenían elementos asociados con respuestas al estrés y hormonas. El análisis de expresión demostró que muchos genes eran sensibles al tratamiento de estrés abiótico. En general, este trabajo investigó genes en el bambú moso utilizando enfoques bioinformáticos. La investigación evolutiva sobre la estructura de los genes, la distribución de motivos y los elementos reguladores indicó que los genes desempeñan roles distintos en los procesos biológicos, lo que proporciona una base teórica para explorar las funciones fisiológicas de los genes y seleccionar genes candidatos relacionados con el estrés en el bambú moso.