Con el aumento de los impactos negativos en la producción de alimentos a nivel mundial causados por las plagas, la recuperación de nematodos entomopatógenos nativos (EPNs) es relevante, ya que están adaptados a los entornos locales, la entomofauna y una virulencia significativa. Por lo tanto, el presente estudio fue diseñado para recuperar y comprender la diversidad filogenética de los EPNs y sus endosimbiontes bacterianos asociados, de los cultivos de plátano y banano, como alternativas para el control de especies de gorgojos. Un muestreo extenso del occidente de Colombia cubrió 325 ha, lo que permitió la recuperación de tres aislamientos de EPNs (0,49% de las muestras). La caracterización molecular incluyó cuatro loci mitocondriales y nucleares, que, después de fusionarse con las secuencias de 48 especies, confirmaron la presencia de , el primer informe de en América del Sur, y la monofilia en la mayoría de los clados de Steinernema. Las topologías de los árboles fueron consistentes para los loci nucleares pero no para los mitocondriales, probablemente debido a la alta tasa de sustitución de nucleótidos, déficit en el número de especies disponibles para estos loci y al ordenamiento incompleto de linajes. Las bacterias endosimbióticas asociadas con fueron identificadas como . Sin embargo, el simbionte bacteriano presentó una similitud genética con y , que aún son inciertos en su clasificación. La identificación de en América del Sur indica la amplia distribución de esta especie en las Américas y su capacidad para persistir en diferentes tipos de suelo. Por primera vez, el aislamiento y la caracterización filogenética de EPN se dirigen a los cultivos de plátano y banano. Aprovechar la diversidad de los EPNs promete nuevas aplicaciones para la protección de cultivos, mientras que los recursos genéticos de los endosimbiontes bacterianos pueden proporcionar metabolitos con un amplio espectro de usos, ya sea para fines agrícolas o medicinales.