Los patógenos asociados con los síntomas de Huanglongbing en cítricos, incluyendo el amarillamiento y las hojas moteadas en un importante cultivo económico en la isla de Hainan, China, fueron identificados y caracterizados. En el estudio, se realizaron análisis de detección, variación genética y relación filogenética de los patógenos basados en fragmentos de genes 16S rRNA y beta-operon específicos de fitoplasmas y Liberibacter asiaticus. Los resultados indicaron que los patógenos, como las cepas de fitoplasma CmPII-hn pertenecientes al subgrupo 16SrII-V y CmPXXXII-hn pertenecientes al subgrupo 16SrXXXII-D, así como las cepas de Liberibacter asiaticus CmLas-hn, fueron identificados en las muestras de plantas enfermas, con números de 12, 2 y 6 de 54, respectivamente. Entre ellos, se encontró una infección mixta con el fitoplasma del subgrupo 16SrII-V y Liberibacter asiaticus en el estudio, representando el 7.4% (cuatro muestras). Las cepas de fitoplasma de CmPII-hn, broom de brujas, broom de brujas y broom de brujas, se agruparon en un clado perteneciente al subgrupo 16SrII-V, con un valor de bootstrap del 99%. Las cepas de fitoplasma de CmPXXXII-hn y broom de brujas pertenecientes al 16SrXXXII-D, y las otras cepas del subgrupo 16SrXXXII se agruparon en un clado perteneciente al grupo 16SrXXXII con un valor de bootstrap del 99%. Hubo 16 loci variables en las secuencias del gen 16S rRNA de las cepas de fitoplasma del grupo 16SrXXXII analizadas, de las cuales dos bases tenían una inserción/eliminación. Las cepas de Liberibacter asiaticus, identificadas en el estudio y las cepas que habían sido depositadas en GenBank, estaban en un clúster independiente con un valor de bootstrap del 99%. Hasta donde sabemos, este es el primer informe que muestra que puede ser infectado por fitoplasmas de los subgrupos 16SrII-V y 16SrXXXII-D en China. Además, este también es el primer informe en el que las plantas están co-infectadas por fitoplasmas del subgrupo 16SrII-V y Liberibacter asiaticus. Una identificación y caracterización más completa y detallada de los patógenos asociados con los síntomas de la enfermedad en la isla en China sería beneficiosa para el monitoreo epidémico y para la prevención y control efectivos de las enfermedades vegetales relacionadas.