La diarrea en lechones es una de las enfermedades más comunes que conducen a una alta mortalidad y, como resultado, a pérdidas económicas. Se realizó secuenciación metagenómica de escopeta en el DNBSEQ-G50, sistema MGI, para estudiar el papel del microbioma fecal en el desarrollo de la diarrea en lechones recién nacidos. El análisis de los datos del estudio mostró que la composición del microbioma fecal a nivel de bacterias y hongos no difería en lechones con diarrea del grupo sano. Las bacterias pertenecientes a los filos , , , , y fueron las más abundantes. Sin embargo, se observó un mayor nivel de diversidad alfa bacteriana en el grupo de lechones con diarrea, lo que puede deberse a disbacteriosis e inflamación. El estudio del viroma mostró la diferencia entre los dos tipos de fagos: B40-8 predominó en lechones enfermos, mientras que el virus BP4 se encontró en mayor número en lechones sanos. Los resultados de nuestro estudio sugieren que la asociación entre el microbioma fecal y la susceptibilidad a la diarrea en lechones lactantes puede haber sido sobreestimada anteriormente.