Se utilizó un panel de muestras intestinales recolectadas de faisanes comunes entre 2008 y 2017 para una investigación metagenómica utilizando un protocolo de enriquecimiento imparcial y diferentes pipelines bioinformáticos. El número de lecturas de secuencia en el análisis metagenómico varió de 1,419,265 a 17,507,704, con una tasa de lectura de secuencias virales que osciló entre el 0.01% y el 59%. Al considerar las lecturas de secuencias de virus eucariotas, se identificaron virus de ARN y ADN en las muestras, incluyendo, pero no limitándose a, coronavirus, reovirus, parvovirus y virus de ADN CRESS (es decir, virus de ADN de cadena sencilla que codifican Rep en forma circular). Se reconstruyeron secuencias genómicas parciales o casi completas de al menos tres parvovirus diferentes (dependoparvovirus, aveparvovirus y chaphamaparvovirus), así como gyrovirus y diversos virus de ADN CRESS. Generar información sobre la diversidad viral servirá como base para desarrollar herramientas de diagnóstico específicas y para investigaciones epidemiológicas estructuradas, útiles para evaluar el impacto de estos nuevos virus en la salud animal.