La arquitectura genética y los loci genéticos que controlan los rasgos de la mercancía en este melón de Hami no han sido caracterizados. Se utilizó la genotipificación multiplexada por escopeta (MSG) para genotipificar una población F de 370 progenies de melón de Hami chino. Se obtuvieron un total de 47,609 marcadores de polimorfismos de nucleótido único (SNP) después de un estricto filtrado. Los bins se utilizaron para construir un mapa de ligamiento genético con una longitud total de 1572.954 cM. El análisis del locus del rasgo cuantitativo (QTL) reveló que el color de la fruta estaba controlado por un gen mayor en una región de aproximadamente 2 Mb en el cromosoma 09, mientras que el color del exocarpio (EC) estaba controlado por un gen mayor en una región de aproximadamente 1.9 Mb en el cromosoma 04, y las manchas en la piel estaban controladas por dos genes dominantes, uno en la misma región del cromosoma 04 que el QTL de EC y el otro en una región de 1031.05 kb en el cromosoma 02. Dos QTL mayores en los cromosomas 03 y 05 estaban relacionados pleiotrópicamente con varios rasgos cuantitativos de la fruta, a saber, contenido de azúcar en el borde (ES), contenido de azúcar en el centro (CS), peso de la fruta (FW) y longitud de la fruta (FL). Otro QTL en el cromosoma 09 también influyó en ES, mientras que otros cinco QTL afectaron a FL. Este estudio fue el primero en realizar un análisis de la arquitectura genética y el mapeo de QTL en el melón de Hami chino con marcadores de alta densidad y una gran población objetivo.