La acuicultura de camarones Kuruma enfrenta amenazas a la sostenibilidad debido a la reducción de la diversidad genética y la resistencia a enfermedades. Los marcadores genéticos tradicionales ofrecen una visión limitada, y la cría empeora la homogeneización genética. Este estudio utilizó la resecuenciación de genoma completo (WGRS) para analizar la diversidad genética, la estructura y el germoplasma central en 20 poblaciones de Zhejiang, Fujian (China) y stocks japoneses introducidos. Al generar 343.40 Gb de datos de alta calidad (profundidad promedio 12.44x), los investigadores identificaron 9,146,248 SNPs, la mayoría ubicados en regiones intergénicas (56.75%) e intrónicas (30.99%). El análisis de poblaciones reveló que las poblaciones de Fujian (FJ) y las introducidas de Japón (RB) se agruparon estrechamente debido a antecedentes de cría artificial compartidos, mientras que las poblaciones de Zhejiang (XS) y Fujian (LS) mostraron heterogeneidad genética impulsada por la divergencia adaptativa. La selección de germoplasma central eligió cuatro individuos representativos (FJ4-M, LS1-M, XS1-M, XS6-M), preservando efectivamente la diversidad original (cobertura alélica 0.93). Esto proporciona recursos genómicos y un marco para la conservación del germoplasma y la mejora de la cría.