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Identificación y caracterización a nivel genómico de factores de transcripción WRKY y su perfil de expresión en var

Autores: Liu, Yang; Zhang, Yifan; Lin, Ling; Xiong, Xingyao; Zhang, Donglin; Li, Sha; Yu, Xiaoying; Li, Yanlin

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

Identificación y caracterización a nivel genómico de factores de transcripción WRKY y su perfil de expresión en var


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Botánica

Palabras clave

Familia de genes
Var.
WRKYs
Motivos
Análisis de sintenia
Transcriptoma

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 12

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
La familia de genes desempeña roles importantes en el crecimiento y desarrollo de las plantas, así como en las respuestas a estrés biótico y abiótico. var. tiene un alto valor ornamental y medicinal. Sin embargo, se han reportado pocos genes en esta planta, y sus funciones siguen siendo desconocidas. Para explorar los roles que los genes desempeñan en var., identificamos y caracterizamos 79 a través del análisis de homología BLAST y los renombramos (como ) según su distribución en los cromosomas de var. De esta manera, de acuerdo con sus características estructurales y el análisis filogenético, se dividieron en tres grupos que contienen 16 (Grupo I), 52 (Grupo II) y 11 (Grupo III) WRKYs, respectivamente. Los LcWRKYs en el mismo grupo tienen motivos y estructuras génicas similares; por ejemplo, los Motivos 1, 2, 3, 4 y 10 constituyen el dominio WRKY y la estructura de dedo de zinc. La región promotora contiene elementos de respuesta a la luz (ACE, G-box), elementos de respuesta al estrés (repeticiones ricas en TC), elementos de respuesta hormonal (TATC-box, TCA-element) y sitios de unión MYB (MBS, MBSI). El análisis de sinonimia nos permitió establecer relaciones ortólogas entre las familias de genes de , , L., L., L. y L.; además, el análisis de los transcriptomas de hojas y flores maduras de diferentes cultivares demostró la expresión génica específica de cada cultivar. Los niveles de expresión de ciertos genes también presentaron cambios responsivos de hojas jóvenes a maduras, basado en un análisis del transcriptoma en hojas en diferentes etapas de desarrollo. El tratamiento con luz blanca llevó a una disminución significativa en la expresión de y y un aumento significativo en la expresión de , el tratamiento con luz azul llevó a una disminución significativa en la expresión de y y un aumento significativo en la expresión de y . Estos resultados permiten una mejor comprensión de , facilitando la exploración adicional de sus funciones genéticas y la cría molecular de var. .

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